На большей части острова Шикотан и всех остальных островах Малой Курильской гряды: Зеленый, Юрий, Танфильева, Полонского, Анучина и других, с прилегающими к ним скалами, банками, рифами и одномильной акваторией территориальных вод РФ расположен государственный природный заказник федерального значения "Малые Курилы".
Заказник образован для выполнения следующих задач:
1) сохранение природных комплексов (ландшафтов) островов Малой Курильской гряды и прилегающей к ним морской акватории;
2) сохранение, восстановление и воспроизводство объектов животного мира, в том числе водных биологических ресурсов;
3) сохранение среды обитания и путей миграции объектов животного мира;
4) осуществление экологического мониторинга;
5) проведение научных исследований;
6) экологическое просвещение и развитие познавательного туризма.

Общая площадь территории заказника по результатам проведенных землеустроительных работ составляет 67 892 га, в том числе земельных участков островов 26 992 га (из них на о.Шикотан - 17 376 га), акватории Тихого океана - 40 900 га. 
Заказник на о. Шикотан  расположен в юго-восточной части острова и занимает около 2/3 его площади. Границы Заказника на о. Шикотан: мыс Трезубец - тихоокеанское побережье через мыс Край Света - устье ручья Звездный - вверх по ручью Звездный - старая японская тропа -  лесная дорога от  бухты Дельфин до пос. Крабозаводское - граница земель пос. Крабозаводское - грунтовая дорога от пос. Крабозаводское  до пос. Малокурильское - границы земель села Малокурильское и земель Министерства обороны - мыс Трезубец.
Внутри границ заказника на о. Шикотан расположено множество примечательных географических объектов, в том числе Гора Ноторо (357 м), Гора Томари (356 м), Гора Шикотан (405 м).